芝麻在一般的油脂生產中是不脫皮的。然而，由于芝麻種皮或角質層中纖維和草酸鹽含量（2%～3%草酸鈣螯合物）較高，使得其油和粕的色澤加深，餅粕呈苦味，這樣的餅粕不能作為人類或其他單胃動物的蛋白質資源，只能用作牛的飼料或肥料。因此，芝麻作為食品或芝麻餅粕作為人類蛋白質資源利用時，通常要求脫皮。芝麻脫皮的傳統方法是把種子浸泡在水中使種皮漲破，然后利用浮力分選法將皮與籽分離。籽與皮的浮選分離時，可用鹽水調節水的密度促使分離更好地進行。實驗中發現，用熱的稀堿溶液如氫氧化鈉、硼酸鈉、次氯酸鈉的溶液可以用來疏松或破裂種皮。另一種傳統的方法是將浸泡膨脹破皮的芝麻在木板上或石板上碾搓摩擦去皮，混合物再用鹽水浮選分離。此外，也有利用機械方法進行芝麻脫皮的報道，即浸泡后的芝麻通過兩片垂直安裝的具有硬表1-面的盤片，一片盤片固定，另一片盤片旋轉，濕籽通過摩擦作用，皮從仁上脫除，然后通過水流或水噴淋洗滌混合物，再用金屬絲網從混合物中篩分出皮。